Der islamische Religionsunterricht wird gemäß § 7 der Geschäftsordnung des Bildungsamtes vom Schulamt betreut, verwaltet und organisiert. Die Außenvertretung erfolgt durch die Schulamtsleitung. Zuständigkeiten, wie die Zuweisung der Religionslehrer/Innen an die Schulen und die Durchführung der sich daraus ergebenden organisatorischen Maßnahmen (Kommunikation mit den Schulleitungen, etc.), werden vom Schulamt wahrgenommen. Hierzu zählen insbesondere die Erfassung der erteilten Religionsstunden, die Verwaltung der Schüler/Innenzahlen, die religionspädagogische sowie theologische (fachliche) Begleitung und Betreuung der Religionslehrer/Innen, und die Führung der Personalakten. In den Bundesländern erfolgt die Vertretung des Schulamts durch die entsprechenden Fachinspektor/Innen.